Theo đó, Thông tư số 62/2017/TT-BTC quy định người nộp phí là tổ chức, cá nhân đề nghị cơ quan có thẩm quyền cấp, cấp lại giấy xác nhận đủ điều kiện về bảo vệ môi trường trong nhập khẩu phế liệu làm nguyên liệu sản xuất theo hướng dẫn tại Thông tư số 41/2015/TT-BTNMT ngày 09/09/2015 của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường về bảo vệ môi trường trong nhập khẩu phế liệu làm nguyên liệu sản xuất và các văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế (nếu có).

Người nộp phí có trách nhiệm nộp phí trong thời gian 10 ngày làm việc kể từ ngày nộp hồ sơ đề nghị cấp, cấp lại giấy xác nhận. Phí nộp trực tiếp cho tổ chức thu phí hoặc nộp vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách của tổ chức thu phí mở tại Kho bạc nhà nước.

Thông tư cũng quy định Cục Kiểm soát ô nhiễm thuộc Tổng cục Môi trường (Bộ Tài nguyên Môi trường) và Sở Tài nguyên và Môi trường các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương là tổ chức thu phí theo quy định.

Về mức thu phí cấp, cấp lại giấy xác nhận đối với trường hợp tổ chức, cá nhân nhận uỷ thác nhập khẩu phế liệu làm nguyên liệu sản xuất được Thông tư quy định đối với tổ chức, cá nhân nhận uỷ thác có kho, bãi lưu giữ phế liệu nhập khẩu là 20 triệu đồng/hồ sơ; Đối với tổ chức, cá nhân nhận uỷ thác không có kho, bãi lưu giữ phế liệu nhập khẩu là 12 triệu đồng/hồ sơ.
 
Thông tư quy định, chậm nhất là ngày 05 hàng tháng, tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí đã thu của tháng trước vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách mở tại Kho bạc nhà nước.

Đặc biệt, theo Thông tư, tổ chức thu phí được phép trích để lại 90% tổng số tiền phí thu được để chi cho hoạt động cung cấp dịch vụ, thu phí và nộp 10% vào ngân sách nhà nước.

Tuy nhiên, nếu trường hợp tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước không thuộc diện khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí theo quy định về nguyên tắc quản lý và sử dụng phí tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23/08/2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật phí và lệ phí thì phải nộp 100% tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước.

Thông tư cũng quy định, nguồn chi phí trang trải cho hoạt động cung cấp dịch vụ, thu phí do ngân sách nhà nước được bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật.