Kết quả kiểm toán chuyên đề cấp giấy phép và quản lý nhà nước về khai thác tài nguyên khoáng sản giai đoạn 2009-2012 tại Bộ TN & MT cho thấy còn nhiều bất cập trong trong công tác cấp giấy phép và quản lý nhà nước. Đáng chú ý, tình trạng chậm ban hành văn bản hướng dẫn cũng như ban hành văn bản không đúng quy định, đúng thẩm quyền còn diễn ra phổ biến.

Đơn cử như: Công tác kiểm tra và xử lý các giấy phép đã hết hạn chưa chặt chẽ. Qua kiểm tra, có 26 giấy phép đã hết hạn, nhưng chưa được cấp lại, cũng chưa bị xử lý, chưa đóng cửa mỏ khai thác. Hơn nữa, có 47 giấy phép thuộc diện được cấp lại, vì đã cấp trước khi có năm 1996, nhưng đến nay vẫn chưa được cấp lại. Ngoài ra, kết quả kiểm toán tại một số Tập đoàn, Tổng công ty còn cho thấy một số đơn vị vượt mức phạm vi được cấp phép, chưa kí quỹ phục hồi môi trường, chưa đóng cửa mỏ và phục hồi môi trường sau khai thác. Cụ thể như công ty TNHH Mạo Khê khai thác vượt 883.065 tấn; Công ty TNHH MTV Hòn Gai vượt 649.943 tấn.

Ông Nguyễn Thanh Liêm, Kiểm toán trưởng chuyên ngành 2 của Kiểm toán Nhà nước cho biết: Công tác quản lý nhà nước về thăm dò, khai thác khoáng sản là rất "nóng”. Do đó, năm 2013, KTNN có chọn đây là một chuyên đề kiểm toán. Song hiện kiểm toán mới đang tập trung vào kiểm toán ở công tác cấp phép thăm dò và khai thác khoáng sản.